Afin d'encourager l’utilisation des transports en commun, le législateur a prévu que les frais de transports publics des salariés doivent être en partie pris en charge par l’employeur qui peut aussi décider de participer aux frais des transports privés. Les deux prises en charge ne sont pas cumulables.

1. L'obligation de prise en charge partielle des frais de transport public du salarié

L’employeur est tenu de prendre en charge 50% du prix des abonnements de transport souscrits par les salariés pour leurs déplacements entre leur domicile et leur lieu de travail. Ces abonnements peuvent être des abonnements à des services de transports publics (train, bus, métro, tramway etc.) ou des services publics de location de vélo (par exemple, vélib).

La prise en charge de 50% est limitée aux frais de transport d’un salarié qui utilise un abonnement (hebdomadaire, mensuel ou annuel). Les titres de transports uniques (par exemple, ticket ou carnet de 10 tickets) ne peuvent faire l’objet d’une prise en charge de l’employeur.

Afin d’en bénéficier, le salarié doit présenter son titre de transport, ou un justificatif, à son employeur. L’employeur devra prendre en charge ce remboursement au plus tard à la fin du mois suivant celui de l'utilisation du titre de transport. Les abonnements annuels seront remboursés mensuellement.

L’employeur peut décider de rembourser l’intégralité de l’abonnement de son salarié et n’est en principe pas tenu de rembourser 50% du titre de transport s’il apparait que le salarié n’utilise pas son titre de transport pour se rendre au travail.

2. La prise en charge facultative des frais des salariés utilisant leur propre moyen de locomotion

D’autre part, l’employeur peut décider de prendre en charge tout ou partie des frais de carburant des salariés pour les déplacements entre leur domicile et leur lieu de travail. Ce remboursement, conditionné par l’accord de l’employeur ou une prescription d’un accord collectif, ne peut se faire que dans deux cas, à savoir lorsque :
- le domicile du salarié se situe en dehors de la région Île-de-France et en dehors des zones de transports urbains,
- les heures de travail du salarié ne lui permettent pas d’utiliser les transports en commun (travail de nuit).

Ne peuvent bénéficier de cette prise en charge :
- Les salariés bénéficiant d'un véhicule mis à disposition permanente par l'employeur avec prise en charge par l'employeur des dépenses de carburant ou d'alimentation électrique d'un véhicule ;
- Les salariés logés dans des conditions telles qu'ils ne supportent aucun frais de transport pour se rendre à leur travail ;
- Les salariés dont le transport est assuré gratuitement par l'employeur.

Il est à noter qu’un salarié employé pour un nombre égal ou supérieur à la moitié de 35 heures la durée légale ou conventionnelle bénéficie d’une prise en charge de ses frais de transport identique équivalente à celle d’un salarié travaillant à temps complet.
En revanche, lorsque le salarié est employé pour un nombre d’heures inférieur, il bénéficie d’une prise en charge calculée en proportion du nombre d’heures travaillés par rapport à la moitié de la durée de travail à temps complet (par exemple, un salarié travaillant 14 heures par semaine et dont les frais de transport collectif sont de 90€, le calcul est le suivant : (90x50%) x (14/17,5) = 36€ seront alors pris en charge par l’employeur).

Depuis septembre 2014, les stagiaires peuvent également profiter de la prise en charge de leurs frais de transport.

Le montant remboursé au salarié, au titre de la prise en charge des frais de transport, doit être indiqué sur la fiche de paie.

Le délai de prescription de droit commun (5 ans) n’est pas applicable au rappel de salaire.

En effet, selon le Code du travail, l'action en paiement ou en répétition du salaire se prescrit par trois ans à compter du jour où celui qui l'exerce a connu ou aurait dû connaître les faits lui permettant de l'exercer. La demande peut porter sur les sommes dues au titre des trois dernières années à compter de ce jour ou, lorsque le contrat de travail est rompu, sur les sommes dues au titre des trois années précédant la rupture du contrat.

La Cour de cassation a indiqué dans un arrêt de 1991 que pour être soumis à la prescription triennale de l’article L3245-1 les « frais kilométriques » doivent constituer des salaires ou être payables par année ou à des termes périodiques plus courts.

Dans un arrêt plus récent du 12 juillet 2006, elle indique que la prescription triennale s'applique à toute action afférente au salaire ce qui inclut tout action tendant au remboursement d'indemnités kilométriques liées à l'exécution d'un travail salarié.

Les frais de transport du domicile au travail n’étant en principe pas liés à l’exécution du travail salarié, contrairement aux frais de déplacements professionnels, la prescription devrait être de 5 ans. Cependant, il n’est pas exclu que la Cour de cassation considère que la prescription est également de 3 ans pour le remboursement de ces frais.

Si l’employeur ne respecte pas la prise en charge des frais de transport, il s’expose à une amende prévu pour les contraventions de la 4ème classe, soit 750 euros au plus.