La mutation est le fait pour un fonctionnaire (c’est-à-dire un agent titulaire de la fonction publique), de changer d’emploi au sein de la même fonction publique (d’Etat, territoriale ou hospitalière), sans pour autant changer de grade, de corps ou de cadre d’emplois.

Elle répond au principe de mobilité des fonctionnaires. Cette mobilité s'applique aux fonctionnaires d'Etat, hospitaliers et territoriaux.

La mutation peut être interne, c’est-à-dire avoir lieu au sein du même ministère, de la même collectivité territoriale ou du même établissement de santé (à la demande du fonctionnaire ou décidée par l’administration), ou externe, c’est-à-dire avoir lieu dans un autre ministère, une autre collectivité territoriale ou un autre établissement de santé (à la demande du fonctionnaire).

Les règles de mutation sont les suivantes :

- l'agent concerné doit être un fonctionnaire titulaire. Les agents contractuels ne sont pas concernés par cette procédure ;
- l’administration doit porter à la connaissance des fonctionnaires les emplois vacants dont la formalité dépend de la fonction publique concernée (d’Etat, territoriale ou hospitalière) ;
- il faut l’accord du service (mutation interne) ou de l’administration d'accueil (mutation externe) ;
- Les mutations sont accordées en priorité dans certains cas selon la fonction publique concernée :

Dans la fonction publique d’Etat :
- lorsque le fonctionnaire est séparé pour raisons professionnelles de son époux ou partenaire de PACS mais peut prouver qu'ils sont soumis à l'impôt sur le revenu en tant que ménage ;
- lorsque le fonctionnaire est handicapé ;
- lorsque le fonctionnaire exerce depuis au moins 5 ans (ou 7 pour les policiers) des services continus dans une zone urbaine sensible;
- lorsque le fonctionnaire a le centre de ses intérêts moraux en outre-mer ou en Nouvelle-Calédonie,
- lorsque l'emploi est supprimé en cas de restructuration du service ;

L'administration peut fixer des règles de priorité supplémentaire, par exemple si le fonctionnaire a exercé dans une certaine durée dans une zone où le recrutement est particulièrement difficile ou si le fonctionnaire est un proche aidant. Dans ce cas, toutefois, ces critères doivent être portés à la connaissance des fonctionnaires du service.

Dans les fonctions publiques territoriale et hospitalière:
- lorsque le fonctionnaire est séparé pour raisons professionnelles de son époux ou partenaire de PACS ;
- lorsque le fonctionnaire a le statut de proche aidant, c'est à dire qu'il vient en aide régulièrement et bénévolement à une personne âgée avec laquelle il a des liens « étroits et stables »;
- lorsque le fonctionnaire est handicapé.

- l’administration d’origine ne peut pas opposer de refus à une mutation interne ou externe d’un fonctionnaire sauf motivé par les nécessités du service . Le silence pendant plus de deux mois vaut acceptation de la mutation ;
- un préavis de service peut être exigé par l’administration d’origine avant la mutation du fonctionnaire dans le service (interne) ou l’administration (externe) d’accueil.

Depuis la loi de réforme de la fonction publique du 6 août 2019, l'examen préalable par la Commission administrative paritaire n'est plus obligatoire.

Remarques : lorsqu’il s’agit d’une mutation externe au sein de la fonction publique hospitalière, il y a démission du fonctionnaire de l’administration ou du service d’origine et embauche dans l’administration ou le service d’accueil. Le fonctionnaire conserve néanmoins son ancienneté, son grade et son échelon.

Concernant la mutation territoriale, votre collectivité d'accueil doit régler une indemnité à votre collectivité d'origine si vous mutez dans les 3 ans suivant votre titularisation.