Les agents de la fonction publique ont droit à des congés (congés annuels, congés maladie, congés liés à l'arrivée d'un enfant) et peuvent bénéficier de congés spécifiques s’ils remplissent certaines conditions.

Les congés spécifiques sont de trois ordres :

- les jours de « congé bonifié ». Il s’agit de jours de congés supplémentaires qui s’ajoutent aux congés annuels pour les agents publics originaires des départements d’outre-mer travaillant en métropole et dont la résidence principale se situe toujours en outre-mer ou, dans la fonction publique d'Etat, au fonctionnaire originaire de métropole qui travaille dans un département d’outre-mer. Le congé bonifié permet une majoration maximum de 31 jours calendaires (c’est-à-dire samedi, dimanche et jours fériés inclus).

Remarque : le congé bonifié permet également une prise en charge des frais de voyage (du fonctionnaire et de sa famille) et le versement d’une indemnité.

- les autorisations spéciales d’absence dont le nombre de jours varie en fonction de la situation de l’agent lorsqu’elles sont justifiées pour raisons familiales (événements familiaux : mariage, pacs, naissance adoption, maladie grave ou décès du conjoint, d'un parent ou d'un enfant), garde d’enfant de moins de seize ans ou handicapé pour le soigner ou en assurer la garde lorsque l'accueil habituel de l'enfant n'est pas possible et dans la limite annuelle du temps de travail hebdomadaire de l'agent plus un jour, grossesse à partir du troisième mois à raison d'une heure par jour non cumulable, déménagement, fêtes religieuses(ces deux derniers cas n'étant pas réglementés par la loi mais relèvent plus de l'usage), pour raison syndicale, pour participation à un concours, pour participation à un jury d’assise, pour candidature politique et mandat politique.

- le congé de trois jours ouvrables pour naissance ou adoption est ouvert au père pour la naissance (ou à celui qui reconnaît l'enfant et qui vit de manière permanente et notoire avec la mère) ou au parent qui n'a pas demandé le bénéfice d'un congé d'adoption pour l’adoption de l’enfant.

Les trois jours peuvent être pris par l'agent soit de façon obligatoirement continue à parti du jour de naissance ou du premier jour ouvrable, s'il s'agit d'une naissance, soit de manière consécutive ou fractionnée dans une période maximale de quinze jours entourant l'adoption ; lorsque l'agent se trouvait déjà en congé annuel ou en maladie au moment de la naissance ou de l'adoption, il peut prétendre à obtenir trois jours supplémentaires. Cela étant, le congé de trois jours ne se cumule pas au congé de maternité ou d'adoption