Un arrêt maladie est délivré par un médecin qui a constaté que l’état de santé d’une personne n’était pas compatible avec l’exercice de son travail.

Pour les agents fonctionnaires de la fonction publique, un arrêt maladie peut être dit de maladie ordinaire, de longue maladie ou de longue durée. Pour les agents contractuels de la fonction publique, un arrêt maladie peut être ordinaire ou de grave maladie.

Une RTT ou réduction du temps de travail est un jour de congé attribué à un agent de la fonction publique en récupération des heures de travail qu’il a effectuées au-delà de la durée annuelle de travail effectif (voir fiche « quel est le nombre de RTT dans la fonction publique ? »).

Un congé maladie d’un fonctionnaire ou d’un agent contractuel de la fonction publique, au-delà d'une certaine durée, entraîne une baisse des jours de RTT.

Pour déterminer le nombre de jours au-delà duquel un arrêt maladie viendra diminuer le nombre de jours de RTT, il convient de calculer le quotient dit de réduction. Le quotient de réduction correspond à la formule suivante : nombre de jours travaillés par an ÷ jours maximums de RTT.

Une fois le quotient connu, lorsque le nombre de jours d’absence pour maladie est égal au quotient de réduction, un jour de RTT sera déduit du nombre maximum de RTT.

Le nombre de jours travaillés par an est au moins égal à 365 - 104 jours de repos hebdomadaires - 25 jours de congés annuels - 8 jours fériés, soit 228.

Par exemple, pour un agent soumis à une durée hebdomadaire de travail supérieure à 35 heures ou à des cycles de travail variables, si ce dernier travaille 37 heures par semaine, son quotient de réduction est alors de 19 jours (228/12= 19). Lorsque l'absence atteint 19 jours par an, une journée de RTT est déduite du capital de 12 jours.
En effet, un agent soumis à une durée hebdomadaire de travail supérieure à 35 heures ou à des cycles de travail variables bénéficie pour 35h30 de travail de 3 jours de RTT, pour 36h de 6 jour etc.

Pour les agents au forfait, c'est à dire soumis à un régime de décompte en jours de leur durée de travail, ils bénéficient généralement de 18 jours de RTT (voire de 20 jours)
Ainsi, pour un agent bénéficiant de 20 jours de RTT, le quotient de réduction du nombre de jours de RTT est égal à 228 / 20 = 11,4 jours (arrondis à 11).
Ce faisant, lorsque l'absence atteint 11 jours par an, une journée de RTT est déduite du capital de 20 jours (2 jours lorsque l'absence atteint 22 jours, etc.)

Lorsque l'agent est soumis à des horaires variables, il peut choisir ses horaires journaliers de travail, sous réserve des nécessités de service et dans un cadre réglementaire défini par son administration. Un dispositif de crédit-débit lui permet de se constituer des jours de RTT.
Pour cet agent les jours d'absence ne donnent lieu à aucun débit, ni crédit.

En conclusion, un arrêt maladie n’aura aucun impact sur les RTT lorsqu’il est d’une durée inférieure au nombre de jours du quotient de réduction. Lorsque sa durée est supérieure, il vient diminuer le nombre de jours de RTT de 1 jour à chaque fois que le nombre de jours de maladie est égal au nombre de jours du quotient de réduction.

Remarques :
- si l’agent est à temps partiel, le quotient de réduction doit être calculé au prorata temporis.
- la période pendant laquelle l'agent public est en congé maladie ne peut générer des jours de RTT.