A l'occasion d'un contrôle fiscal, l’administration pourra délivrer un avis de vérification de comptabilité au contribuable au moins deux jours francs avant la date de vérification. En pratique, le délai entre la réception de l’avis de vérification et la première intervention du vérificateur est de 15 jours. Ce délai, qui est vu comme une garantie accordée au contribuable lui permettra de préparer sa défense.

La vérification de comptabilité est un moyen de contrôle exercé par l’administration fiscale afin de s'assurer de la cohérence et de la régularité de la comptabilité du contribuable.

Si le contribuable n’est pas tenu de tenir une comptabilité, il pourra faire l’objet d’un examen contradictoire de la situation fiscale personnelle (E.S.F.P.). A cet égard, l’E.S.F.P. a lieu dans les locaux de l’administration fiscale alors que la vérification de comptabilité se déroule dans les locaux du contribuable.

La vérification peut également se tenir ou se poursuivre dans tout autre lieu déterminé d'un commun accord entre le contribuable et l'administration. A défaut d'accord, l'administration peut décider de tenir ou de poursuivre la vérification dans ses locaux.

1. La vérification de comptabilité

La vérification de comptabilité concerne les contribuables devant tenir une comptabilité. C'est un contrôle qui s’effectue sur place, dans les locaux de l’entreprise, sauf si la comptabilité se trouve à l’extérieur de l’entreprise (cabinet d’expertise comptable, centre de gestion agréé).

Le contrôle consistera en un débat contradictoire concernant l'exactitude et la sincérité de la comptabilité, le bien fondé des provisions enregistrées ou encore la durée des amortissements effectués.

En cas d’erreur, d’inexactitude ou d’omission, l’administration pourra demander au contribuable de régulariser la situation par une déclaration complémentaire de régularisation. Si le contribuable n'effectue pas cette déclaration de régularisation, une procédure de rectification sera mise en œuvre.

2. Examen contradictoire de la situation fiscale personnelle

L’E.S.F.P permet de contrôler la cohérence entre les revenus déclarés et la situation patrimoniale du contribuable. Concrètement l’administration compare la situation de trésorerie au regard des éléments de train de vie du contribuable.

Si les recettes (revenus déclarés, emprunts etc.) sont inférieures aux dépenses (achat immobilier, dépenses diverses etc.) et que le montant de la trésorerie comporte un bilan positif, l’administration fiscale demandera au contribuable de justifier de l’excédent.

3. Mentions obligatoires de l’avis de vérification de la comptabilité

Toujours dans un souci de garantir les droits du contribuable contrôlé, l’avis de vérification doit contenir :
- le jour et l'heure de la première intervention du contrôleur dans les locaux,
- les coordonnées du vérificateur,
- les impôts, droits ou taxes vérifiés,
- le nom et l'adresse du supérieur hiérarchique du vérificateur,
- le nom et l'adresse de l'interlocuteur départemental auquel le contribuable peut s’adresser en cas de difficultés avec le vérificateur. Ce dernier est en général le directeur divisionnaire chargé du contrôle fiscal.

Cet avis doit indiquer sous peine de nullité de la procédure, les années soumises à vérification et la faculté de se faire assister par un conseil de son choix.
Depuis le 1 er janvier 2023, l'avis de vérification mentionne la liste des comptes connus de l'administration pour lesquels elle demande aux établissements financiers de produire les relevés.

4. Documents à tenir à disposition

Dans le cadre d’une vérification de comptabilité, le contribuable devra notamment mettre à la disposition du vérificateur :
- le registre des assemblées générales,
- le livre journal,
- le livre d'Inventaire,
- le tableau d'amortissement des immobilisations,
- le grand Livre pour chacune des années vérifiées,
- les livres divisionnaires pour chacune des années vérifiées (vente, achat, banque, etc.),
- les relevés de banque pour chacune des années vérifiées,
- les factures justificatives pour chacune des années vérifiées.

Un E.S.F.P du contribuable peut quant à lui comporter une demande des relevés des comptes personnels.

Sous peine de nullité de l'éventuel redressement, la vérification de comptabilité ne peut en principe dépasser trois mois pour les entreprises dont le montant du chiffre d'affaires ou des recettes brutes n'excède pas les limites d'admission au régime simplifié d'imposition. Un E.S.F.P peut durer un voire deux ans.

La loi de finances rectificative du 29 décembre 2016 a mis en place une nouvelle forme de contrôle fiscal réservée aux entreprises disposant d’une comptabilité informatisée. Ce contrôle, appelé « examen de comptabilité », suit le même régime que la « vérification de comptabilité » mais à l’avantage d’être effectué à distance (le contribuable a 15 jours pour transmettre sa comptabilité informatique à l’agent en charge du contrôle).