Une maladie professionnelle est la conséquence de l’exposition à un risque pendant l’exercice de ses fonctions.

L’agent qui se trouve atteint d’une maladie qu’il pense d’origine professionnelle doit faire établir un certificat médical auprès de son médecin traitant.

Puis, il doit déclarer la maladie en transmettant toutes les pièces justificatives dont le certificat médical aux ressources humaines de son service dans les plus brefs délais (dans le délai de 48 heures après l’établissement du certificat) et remplir une déclaration afin d’établir la preuve du risque et de l’origine professionnelle de la maladie.

Pour être qualifiée de professionnelle, la maladie doit être reconnue comme telle :

- soit elle est répertoriée dans le Code de la sécurité sociale. Des tableaux énumèrent les différentes maladies présumées être d’origine professionnelle et leurs conditions (les manifestations morbides d’intoxications aiguës ou chroniques, les infections microbiennes, et les infections présumées résulter d’une ambiance ou d’attitudes particulières) ;
- soit dans les cas où la maladie n’est pas répertoriée dans le Code de la sécurité sociale comme maladie professionnelle, l'administration détermine la réalité du lien de causalité directe entre la maladie et l’exercice des fonctions publiques (ou l’acte de dévouement dans un intérêt public ou encore l’exposition des jours de l’agent pour sauver la vie d’autres personnes).

Lorsque la maladie n’est pas répertoriée dans le Code de la sécurité sociale et que l’agent a transmis son certificat médical à son administration, celle-ci peut ou non émettre un doute quant au lien de causalité directe.

Si l’administration n’a pas de doute sur l’imputabilité de la maladie au service, elle notifie à l’agent une lettre reconnaissant la maladie professionnelle. Cela ouvre droit à l’agent d’obtenir un régime de faveur (par exemple le remboursement des frais médicaux liés à la maladie professionnelle ou l’obtention d’un congé maladie imputable au service).

Si l’administration a un doute ou refuse l’imputabilité de la maladie au service, elle peut saisir un médecin agréé.

Si l'administration constate une faute personnelle de votre part ou une circonstance de nature à rendre l'accident non professionnel, elle peut saisir le conseil médical en formation plénière pour avis.

Dans ce cas l'administration doit en informer le fonctionnaire et le délai qui lui est ouvert pour statuer est prorogé de 3 mois.

L’administration prend ensuite sa décision d’imputabilité ou de non imputabilité de la maladie de l’agent au service et la lui notifie (cela ouvre droit à l’agent de bénéficier d’un régime de faveur qui peut être rétroactivement régularisé par l’administration).

L’agent a la possibilité de contester le refus de l’administration de reconnaître l'origine professionnelle de la maladie (voir fiche « Dans la fonction publique, comment contester la décision qui refuse de reconnaître mon invalidité ? »).

La covid-19 a été inscrite au tableau par un décret du 14 septembre 2020. La maladie est donc présumée professionnelle pour les fonctionnaires exerçant en milieu de santé infectés après cette date, tandis que les malades infectés avant devront suivre la procédure décrite dans la présente fiche, étant précisé que la covid doit avoir eu une forme grave, c'est à die avoir nécessité une oxygénothérapie.