La victime d'un accident ou d'une maladie professionnelle ou non professionnelle a le droit de percevoir une aide financière qui peut prendre la forme d’une pension d’invalidité (allocation d’invalidité temporaire) ou d’une « rente d’incapacité » (allocation temporaire d’invalidité). La distinction entre ces deux aides provient de l'origine de l'accident ou de la maladie.

Lorsque l’agent n’est pas fonctionnaire mais contractuel, le régime suit les règles applicables aux salariés du secteur privé (voir fiche « quelle est la différence entre une pension d'invalidité et une rente d'incapacité » ?).

1. L’invalidité ne résultant pas du service (AIT)

L’invalidité est constituée par l’état d’une personne qui est rendue inapte à exercer une activité suite à une maladie, une blessure ou une activité. La maladie, la blessure ou l’activité ayant entraîné l’incapacité est d’origine non professionnelle.

La décision de reconnaissance de l’invalidité est prise par l’administration après avoir reçu l'avis de la caisse primaire d’assurance maladie. La demande de reconnaissance de l’invalidité doit cependant être formulée à la caisse primaire d’assurance maladie.

L’obtention d’une pension d’invalidité, appelée « allocation d’invalidité temporaire » (AIT) est subordonnée à certaines conditions :
- l’agent doit être fonctionnaire (c’est-à-dire titulaire),
- il ne doit pas avoir été reclassé dans un autre emploi ou être mis en retraite,
- et doit avoir ses capacités réduites d’au moins deux tiers.

Le montant de la pension dépendra de la teneur de l’invalidité et incidemment du groupe dans lequel se trouve le fonctionnaire : invalide capable d'exercer une activité rémunérée, invalide absolument incapable d'exercer une profession quelconque et invalide absolument incapable d'exercer une profession et dans l'obligation de recourir à l'assistance d'une tierce personne pour effectuer les actes ordinaires de la vie.

Le fonctionnaire adresse sa demande à la CPAM de son lieu de travail, qui transmet cette demande avec son avis à l'employeur qui doit lui-même saisir le conseil médical.

En cas de reconnaissance de l’état d’invalidité, l’administration prendra une décision de reconnaissance valable pendant 6 mois maximum (renouvelable) qui précisera notamment le degré de l’invalidité et le taux de l’allocation d’invalidité temporaire.

L’allocation d’invalidité temporaire est ensuite versée de manière périodique par l’administration. Le versement cesse dès lors que le fonctionnaire reprend ses fonctions ou qu'il est mis à la retraite (à sa demande, d’office ou en raison de son âge).

2. L’invalidité résultant du service (ATI)

L’incapacité permanente est le fait pour une personne d’être totalement ou partiellement inapte à exercer une activité suite à des séquelles ou une diminution durable de ses capacités physiques ou mentales. Les séquelles ou la diminution durable des capacités ont pour origine un accident du travail ou une maladie professionnelle.

Une rente d’incapacité dite « allocation temporaire d’invalidité » (ATI) dans la fonction publique peut alors être allouée à l’agent sous certaines conditions (elle est appelée rente d’incapacité dans le secteur privé) :
- l’agent doit être un fonctionnaire (c’est-à-dire titulaire),
- il doit avoir été victime d’un accident du travail ou d’une maladie professionnelle.

L'allocation est attribuée aux fonctionnaires maintenus en activité qui justifient d'une invalidité permanente totale ou partielle résultant :
- soit d'un accident de service ayant entraîné une incapacité permanente d'un taux au moins égal à 10 % ;
- soit d’une des maladies d'origine professionnelle énumérées par les tableaux des maladies professionnelles prévues par le Code de sécurité sociale ;
- soit d'une maladie ne faisant pas l’objet d’un tableau mais reconnue d'origine professionnelle entraînant une incapacité d’au moins 25 %.

L’allocation temporaire d’invalidité est alors calculée en fonction de la fraction du traitement brut afférent à l'indice 100 de l’agent multiplié par le taux d’incapacité.

Elle est versée régulièrement à l’agent pour une durée de cinq ans maximum renouvelable après examen ou sans limitation de durée.

Si l'invalidité n'est pas permanente mais seulement temporaire, le fonctionnaire peut obtenir un congé d'invalidité temporaire imputable au service (CITIS), le temps de guérir.

Si l'invalidité excède les seuils de l'ATI, le fonctionnaire peut être mis à la retraite pour invalidité.